Aunque Murakami nació en Kioto, vivió la mayor parte de su juventud en Hyogo. Su padre era hijo de un sacerdote budista y su madre de un comerciante de Osaka. Ambos enseñaban literatura japonesa.

Desde la juventud Murakami estuvo muy influido por la cultura occidental, en particular, por la música y literatura. Creció leyendo numerosas obras de autores estadounidenses, como Kurt Vonnegut y Richard Brautigan. Son esas influencias occidentales las que a menudo distinguen a Murakami de otros escritores japoneses.

Estudió literatura y teatro griegos en la Universidad de Waseda (Soudai), donde conoció a su esposa, Yoko. Aunque no iba a la universidad apenas, trabajaba en una tienda de discos en Shinjuku (tal como uno de sus personajes principales, Toru Watanabe de Norwegian Wood) y pasaba mucho tiempo en unos bares de jazz en Kabukicho, Shinjuku. Antes de terminar sus estudios, Murakami abrió el bar de jazz Peter Cat (El Gato Pedro) en Kokubunji, Tokio, que regentó junto con su esposa desde 1974 hasta 1981

La ficción de Murakami, que a menudo es tachada en Japón de literatura pop, es humorística y surreal, y al mismo tiempo refleja la soledad y el ansia de amor en un modo que conmueve a lectores tanto orientales como occidentales. Dibuja un mundo de oscilaciones permanentes, entre lo real y lo onírico, entre el gozo y la oscuridad. Cabe destacar la influencia de los autores que ha traducido, como Raymond Carver, F. Scott Fitzgerald o John Irving, a los que considera sus maestros.

Muchas novelas suyas tienen, además, temas y títulos referidos a una canción particular como Dance, Dance, Dance (de The Dells), Norwegian Wood (los Beatles), y South of the Border, West of the Sun (La primera parte es el título de una canción de Nat King Cole). Esta afición -la música- recorre toda su obra.

Murakami es aficionado al deporte: participa en maratones y triatlón, aunque no empezó a correr hasta los 33 años. El 23 de junio de 1996 completó su primer ultramaratón, una carrera de 100 kilómetros alrededor del lago Saroma en Hokkaido, Japón. Aborda su relación con el deporte en De qué hablo cuando hablo de correr (2008).